Фамилия Дзюбаненко — яркий пример украинской модели фамилии, образованной с помощью суффикса -енко. В украинской ономастике этот суффикс традиционно указывал на происхождение от отца или предка: Дзюбаненко буквально означает «сын Дзюбана» или «потомок Дзюбана». Такие фамилии особенно характерны для Левобережной Украины, Полтавщины и Черниговщины, где в XVII–XVIII веках они закрепились как наследственные прозвища целых родов.

Основа фамилии — Дзюбан — это прозвище, которое могло возникнуть несколькими путями. Самая вероятная версия связывает его с диалектным словом «дзюба», которое в украинских говорах означало «ямочка на щеке» или «рябина на лице (оспина)». Соответственно, Дзюбан — человек с заметной ямочкой или рябой. Менее распространённая версия возводит прозвище к глаголу «дзюбати» — клевать, долбить, что могло характеризовать манеру речи или поведения. Есть и гипотеза о тюркском корне: слово «джуба» (род одежды) могло стать прозвищем портного или любителя определённой одежды, но для украинской среды эта версия менее убедительна.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые в России часто получали крестьяне после отмены крепостного права, фамилии на -енко появились раньше и бытовали в среде казачества, мещанства и духовенства. Дзюбаненко — фамилия недворянская по происхождению, но и не крепостная: её носители в XIX веке могли быть казаками, ремесленниками или мелкими торговцами. Географически фамилия сосредоточена в центральных и восточных областях Украины, особенно в Черкасской и Полтавской областях, а в России встречается редко, обычно как след переселения.

Словообразовательная модель проста: корень Дзюб- (от прозвища Дзюба или Дзюбан) плюс суффиск -ан- (увеличительный или характеризующий) и типичный украинский патронимический суффикс -енко. Ударение в фамилии, как правило, падает на последний слог: Дзюбаненко́. В русском языке фамилия не склоняется, если принадлежит женщине, и склоняется как существительное второго склонения у мужчин.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Дзюба, Дзюбенко, Дзюбанов — подтверждает, что все они восходят к одному прозвищному гнезду. Дзюбаненко — самая «молодая» форма, указывающая на конкретного предка по имени Дзюбан, тогда как Дзюба — исходное прозвище, а Дзюбенко — его прямой патроним без промежуточного суффикса.