Фамилия Еферов — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, географическое прозвище. В отличие от распространенных «Ивановых» или «Кузнецовых», здесь мы имеем дело с диалектным или иноязычным корнем.

Самая вероятная версия связывает фамилию с названием реки Ефрат. В русской народной традиции, особенно среди старообрядцев, эта библейская река нередко именовалась сокращенно — Ефрат или просто Ефер. Человека, жившего на берегу такой реки или переселившегося оттуда, могли прозвать Ефером, а его потомки становились Еферовыми. Подтверждением служит то, что в некоторых говорах «ефер» — это искаженное «ефрат», то есть «житель с Ефрата».

Менее убедительна, но возможна версия от канонического имени Ефрем. В просторечии имя Ефрем часто звучало как Ефер, отсюда и отчество — Еферов сын. Однако суффикс -ов в этом случае был бы стандартным для отчества, а вот переход «м» в «р» (Ефрем → Ефер) встречается не так часто, хотя и фиксируется в диалектах.

Третья, совсем редкая гипотеза — связь с тюркским словом «ефер» (друг, товарищ). Но она маловероятна для русской фамилии: в тюркских языках это слово не дало устойчивых прозвищ, а суффикс -ов характерен именно для русского патронимического образования.

Таким образом, Еферов — это фамилия, которая, скорее всего, указывает на предка, прозванного по месту жительства у реки, которую в народе называли Ефером. Носители этой фамилии могли быть выходцами из старообрядческих общин, где библейская топонимика была в ходу, или же потомками человека по имени Ефер (от Ефрем). Географически фамилия встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда, что подтверждает её нетипичное, «книжное» происхождение.