Фамилия Ефименкова — классический пример русской фамилии, образованной по модели отчества второго порядка. Сначала было крестильное имя Евфимий (от греческого «euphemos» — благочестивый, священный). В быту оно сократилось до простого и звонкого Ефим. От него образовали уменьшительное Ефименко — так в старину называли «маленького Ефима», то есть сына. А уже от этого именования пошла фамилия Ефименков: буквально «сын Ефименко и внук Ефима». Принадлежность женщине передаёт окончание -а.

В отличие от дворянских родов, которые часто вели происхождение от именитых предков, основатель рода Ефименковых, скорее всего, был человеком из простого сословия. Такие фамилии на -енко/-енков массово закреплялись за крестьянами и мещанами в XIX веке, когда потребовалось учесть всё население.

Географически фамилия тяготеет к западным и южным русским землям. В Книге памяти Смоленской области сохранились записи о нескольких носителях. Например, Андрей Степанович Ефименков родился в 1885 году в деревне Азарово Кардымовского района, а Василий Дорофеевич Ефименков — в 1872 году в деревне Климово Глинковского района. Эти записи подтверждают, что фамилия бытовала в смоленских деревнях ещё до революции.

Суффикс -ов в фамилии Ефименков — типичный русский патронимический формант, который вытеснил исходный украинско-белорусский суффикс -енко при адаптации фамилии в великорусской среде. То есть изначально предка могли звать просто Ефименко, но его дети уже записались как Ефименковы. Такая перестройка — частый случай в пограничных регионах, где смешивались разные ономастические традиции.