Фамилия Ефимкина образована от имени Ефимка — уменьшительной формы крестильного мужского имени Евфимий. Греческое слово «euphemos», от которого оно происходит, означает «благочестивый, священный». В русской традиции имя давало множество обиходных вариантов: Ефим, Фима, Ефиша, и в том числе Ефимка. Именно эта разговорная форма и закрепилась в основе фамилии.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ефимкина буквально значит «дочь (или жена) Ефимки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от личных имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. В крестьянской среде, где фамилии часто складывались из отчества или прозвища отца, форма на -ин была естественной и повсеместной.

Имя Ефим было излюбленным у славян, особенно в простонародье, что объясняет обилие однокоренных фамилий — Ефимов, Ефименко, Ефимкин. При этом фамилия Ефимкина встречается реже, чем мужской вариант Ефимкин, и чаще фиксируется в регионах, где патронимические фамилии на -ин активно давали женщинам. В современных базах данных носительницы фамилии рассеяны по всей России, без резкой привязки к одной области.

Из известных носителей мужского варианта фамилии выделяется российский велогонщик Владимир Ефимкин, что подтверждает: основа фамилии — простонародное, но нередкое имя, которое не утратило хождения. Таким образом, потомок человека по имени Ефимка со временем получал фамилию Ефимкин, а для женщин — Ефимкина.