Фамилия Ефимкова восходит к мужскому имени Ефимко — народной форме крестильного имени Евфимий. В переводе с греческого εὔφημος означает «благожелательный», «благочестивый», «несущий добрую молву». В православных святцах известно около двадцати святых с этим именем, поэтому и полная форма Евфимий, и краткая Ефим были широко распространены на Руси.

Суффикс -к- в основе Ефимко указывает на уменьшительно-обиходное именование — так в быту называли человека, носившего полное церковное имя. Подобные формы (Иванко, Федько, Петрунко) были особенно характерны для северных и центральных русских земель, где вплоть до XVII века такие имена фиксировались в переписных книгах как полноценные, а не только как прозвища. В фамилии Ефимков суффикс -ов добавляется уже к основе Ефимко, образуя типичную патронимическую модель: «сын Ефимка». Это указывает на то, что основатель рода, скорее всего, принадлежал к простому сословию — крестьянам или посадским людям, у которых в обиходе преобладали именно краткие формы имени.

Фамилия Ефимков встречается в нескольких регионах России, но наиболее плотно — в бывших владениях Новгородской и Вятской земель, где традиция «окающих» говоров и употребление форм с суффиксом -к- сохранялись особенно долго. Встречается также вариант Ефимкова — женская форма фамилии, которая не склоняется по падежам.

Однокоренные фамилии — Ефимов, Ефимкин, Ефимочкин — образованы от других производных того же имени, но именно Ефимков выделяется своей моделью: если Ефимов прямо указывает на отца по имени Ефим, то Ефимков подчёркивает именно обиходную, «домашнюю» форму имени, что делает фамилию чуть более конкретной по происхождению.