Фамилия Ефишева образована от редкого канонического мужского имени Еферий. В переводе с греческого оно означает «воздушный» и, возможно, восходит к имени древнегреческого божества Эфира, олицетворявшего воздух. В русской обиходной среде имя Еферий дало ряд просторечных форм, и одна из них — Ефиша — стала непосредственной основой фамилии. Покровителем этого имени считается святой мученик Еферий, казненный около 305 года за исповедание христианской веры в правление императора Диоклитиана (284–305). Потомок человека по имени Ефиша со временем получил фамилию Ефишев (в женском роде — Ефишева).

Разбирая словообразовательную модель, видим типичный русский суффикс -ев, присоединенный к основе Ефиш-. Суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Ефишев, то есть сын, потомок Ефиши. Такая модель была распространена в среде крестьян и мещан, где фамилии часто закреплялись по имени отца или деда.

В отличие от более частых фамилий на -ов, суффикс -ев встречается после мягких и шипящих согласных, что подтверждает происхождение от имени с конечным -ша. Родственные фамилии — Ефимов, Ефимцев — образованы от полной формы Ефим (каноническое Евфимий), тогда как Ефишева стоит в ряду более редких вариантов, произошедших от уменьшительных прозвищ.

Географически фамилия встречается в центральных и поволжских регионах России, где были распространены просторечные формы канонических имен. Точных статистических данных о сословной принадлежности носителей фамилии нет, но по модели образования можно предположить, что предки Ефишевых были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию после отмены крепостного права.