Фамилия Екимочкин образована от уменьшительной формы крестильного имени Екимочка. В основе лежит имя Иоаким (в переводе с древнееврейского — «прославленный богом»), но в народной русской традиции оно зазвучало иначе. Под влиянием «екающего» произношения (характерного для части центральных и северных говоров) начальное «Ио-» превратилось в «Е-», а полное имя сократилось до обиходного Екимочка.

Суффикс -кин указывает на принадлежность: Екимочкин буквально значило «сын Екимочки» или «из рода Екимочки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён на -а/-я (сравните: Фомин, Ильин, Кузьмин). Интересно, что в официальных документах XVII–XVIII веков встречается и вариант Иоакимов — он сохранял церковную форму, а Екимочкин оставался фамилией бытовой, «домашней», закреплённой скорее в среде крестьян и посадских людей, чем дворян.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где «еканье» было нормой: это северо-восток и центр России. Редкость фамилии объясняется и тем, что само имя Иоаким никогда не входило в десятку самых популярных — оно оставалось в тени имён Иван, Пётр или Василий. Поэтому Екимочкин — не массовая фамилия, а скорее локальная, семейная, сохранившая живую народную огласовку редкого церковного имени.