Фамилия Екимочкина — это типичная русская «фамилия на -ин», которую образовали от личного имени или прозвища, оканчивающегося на -а или -я. В основе лежит имя Екимочка. Это уменьшительная форма мужского крестильного имени Иоаким, которая сложилась под влиянием «екающего» произношения (когда безударный звук произносится как «е», а не как «и»). Имя Иоаким пришло из древнееврейского языка и означает «прославленный богом».

Екимочка — народный, обиходный вариант. В быту церковное имя Иоаким превращалось в Аким, Яким, а в говорах, где «екали», — в Еким и Екимочка. Поэтому фамилия Екимочкин (и её женская форма Екимочкина) — это не столько «потомок Екимочки», сколько указание на то, что предка звали Екимочка, а его дети и внуки стали Екимочкиными. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Екимочкин.

Такая модель образования — одна из самых распространённых в русском ономастиконе. Фамилии на -ин обычно возникали в северных и центральных регионах Руси, где активно использовали притяжательные прилагательные. В южных и восточных областях чаще встречались фамилии на -ов/-ев. Таким образом, географические корни Екимочкиных, скорее всего, лежат в северной или центральной части России.

Интересно, что исходное имя Иоаким в крестьянской и купеческой среде давали нечасто — оно считалось «монахом» или «поповским». Но его уменьшительные формы, особенно Аким и Еким, были широко распространены. Так что предок-носитель имени Екимочка мог быть и крестьянином, и посадским человеком, и священнослужителем — имя само по себе не указывает на сословие.

В современном русском языке фамилия встречается редко. Её носительницы могут проследить свою родословную до XVI–XVII веков, когда система русских фамилий только складывалась, и имя Екимочка было ещё живым, а не архаичным.