Фамилия Елаковы происходит от личного прозвища Елак. Чаще всего его связывают с диалектным словом «елак» — так в олонецких говорах называли летучую мышь. Отношение к этому зверьку у славян было двойственным. С одной стороны, летучую мышь считали нечистью, соединявшей черты птицы и «гада»; по поверьям, ею становилась обычная мышь, съевшая освящённую свечу или кусок кулича. С другой — верили, что летучая мышь оберегает от сглаза: её крыло, голову или кожу зашивали в одежду, а в Польше прибивали к дверям конюшни для защиты коней и от ведьм. Прозвище Елак, скорее всего, выполняло роль оберега: родители нарекали так ребёнка, надеясь, что злое имя отпугнёт нечистую силу.

Есть и вторая версия: Елак мог быть уменьшительной формой от крестильных имён — Елисей («спасённый Богом»), Елизар («Бог помиловал»), Елистрат («добрый воин») или Елий («солнечный», в честь Гелиоса). В таком случае фамилия образована от канонического имени, а не от прозвища. Обе гипотезы имеют право на существование, но первая — с летучей мышью — выглядит более самобытной: она объясняет редкую основу, не сводимую к распространённым именам.

Сама фамилия — типичная патронимическая модель на -ов, то есть буквально «сын Елака». Точное время и место её возникновения установить трудно: процесс становления русских фамилий шёл несколько столетий, и Елаковы могли появиться в разных регионах независимо друг от друга.