Фамилия Эльтеров — редкий случай в русском ономастиконе, где иностранная основа почти не замаскирована русским суффиксом. Корень «Эльтер» явно не славянский, а суффикс «-ов» указывает на то, что фамилию адаптировали по русской модели принадлежности: «чей?» — Эльтеров, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Эльтер.

Самая вероятная версия происхождения — тюркская. В татарском, башкирском и других тюркских языках есть основа «илтер» или «эльтер», которая восходит к слову «ил» (страна, народ, родина) и суффиксу со значением деятеля. «Илтер» — это «тот, кто приводит народ», «правитель области» или «посол». В тюркской титулатуре «ильтер» (или «эльтебер») — один из высших военно-административных чинов, наместник хана. Таким образом, прозвище Эльтер могли дать человеку на русской службе из татарской знати или просто уважаемому, властному мужчине, который «держал народ». В пользу этой версии говорит и то, что фамилия Эльтеров встречается преимущественно в регионах с сильным тюркским влиянием — в Поволжье, на Урале, в Оренбуржье.

Менее вероятна, но возможна немецкая версия. В немецком языке есть фамилия Elter (от древневерхненемецкого «altari» — алтарь, или как форма от имени Altherr — «старый господин»). Немцы-колонисты, приезжавшие в Россию в XVIII–XIX веках, нередко русифицировали свои фамилии, добавляя «-ов». Однако для немецкого корня типичнее было бы окончание «-ов» прибавлять к основе на согласную (Эльтер → Эльтеров), что и произошло. Но тюркская версия выглядит убедительнее из-за географии бытования фамилии: в немецких колониях она почти не фиксируется.

Интересная деталь: в дореволюционных метрических книгах фамилию иногда записывали как «Ильтеров» — с начальным «И» вместо «Э». Это прямое указание на тюркское произношение, где звук «э» в начале слова часто слышится как нечто среднее между «и» и «э». Такая вариативность написания — дополнительный аргумент в пользу восточного корня.

По социальному составу носители фамилии Эльтеров в XIX веке — это в основном государственные крестьяне и мещане, реже — купцы. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках нет. Значит, предок-основатель, получивший прозвище Эльтер, скорее всего, не был высокородным вельможей, а либо служил у такого вельможи, либо выделялся среди своей общины характером или должностью.