Фамилия Ендальцевы происходит от прозвища Ендалец. В его основе лежит древнерусское слово «ендова», у которого было несколько значений. Самое распространённое — это широкий сосуд с носиком для разлива вина, пива, мёда или браги. Человек с прозвищем Ендалец мог быть либо виноделом, либо просто любителем хмельных напитков. Второе, менее известное значение слова «ендова» — небольшой круглый залив, соединённый проливом с рекой или озером. В таком случае прозвище могло указывать на место жительства предка: он жил у такого залива.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Ендалец прибавился суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого ц). Суффикс указывает на принадлежность: «Ендальцев» — это сын Ендальца. В говорах фамилия могла закрепиться в форме Ендальцов, но вариант с -ев встречается чаще. Точное время и место возникновения фамилии установить сложно: фамилии у крестьян и посадских людей в центральной России складывались в основном в XVI–XVII веках, а на окраинах — ещё позже. Однако сама основа «ендова» — древняя и хорошо прослеживается в письменных источниках.

Стоит обратить внимание на редкость корня. Фамилии от «ендовы» встречаются в русском ономастиконе нечасто, что делает Ендальцевых любопытным исключением на фоне массовых фамилий от имён или профессий. По сути, это прозвище от бытового предмета или ландшафтного термина — и то и другое даёт живую картину быта или природы, окружавшей предка.