Фамилия Епифанцев — это типичное русское отчество второго порядка. Она построена по цепочке: имя Епифан → прозвище или полуотчество Епифанец → его сын Епифанцев. Проще говоря, Епифанцев — это внук Епифана. Такая модель с суффиксом -ев (после ц) была очень продуктивной в XVI–XVII веках, когда фамилии только закреплялись за крестьянскими и посадскими родами.

Само имя Епифан — церковное, каноническое. В святцы оно попало из греческого языка, где слово epifanēs означало «видный», «знатный» или, в христианском контексте, «Богом явленный». Отсюда же и церковный праздник Богоявления (греч. Επιφάνεια). Имя было распространено на Руси среди всех сословий, но особенно часто встречалось в среде духовенства и крестьянства — в отличие от более редких греческих имён, Епифан прижился в народной среде и дал множество производных форм.

В говорах имя Епифан нередко произносили как «Епифантий» или сокращали до «Паня», «Фаня». Форма Епифанец, от которой напрямую образована фамилия, могла означать не только «сын Епифана», но и человека, носящего это имя в уменьшительно-ласкательном или прозвищном варианте. В документах XVII века встречаются крестьяне и посадские люди Епифанцы — например, в переписных книгах по Арзамасскому и Нижегородскому уездам эта фамилия фиксируется уже в конце столетия.

Однокоренные фамилии — Епифанов, Епифаньев, Епифанцев, Епихин — образованы от разных падежных или уменьшительных форм имени. Епифанцев стоит особняком: суффикс -цев указывает на происхождение от прозвища на -ец, что характерно для южнорусских и среднерусских говоров, а не для севера. Поэтому наиболее вероятный ареал возникновения фамилии — территории бывших Рязанского, Тамбовского, Нижегородского княжеств, где такая модель отчеств была особенно распространена.

Точную дату появления фамилии Епифанцев назвать нельзя: процесс шёл несколько столетий, и разные ветви одного рода могли получить фамилию в разное время. Однако уже к началу XVIII века носители этой фамилии были записаны в ревизских сказках как однодворцы и государственные крестьяне, что говорит о давнем, ещё допетровском происхождении.