Фамилия Епишенковы — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием угадывается южное происхождение. В её основе лежит имя Епиша — просторечная, обиходная форма канонического мужского имени Епифан. Само имя Епифан пришло из греческого языка, где «epifanes» означало «видный», «знатный», «известный». В древнерусской традиции так называли детей, желая им заметного положения в жизни, но в народе полное имя быстро сократили: Епиша, Епишка, Епиха.

Ключевая особенность фамилии — её двойная суффиксация. Первоначально фамилия звучала как Епишенко: суффикс «-енко» характерен для украинской и белорусской ономастики и означает «маленький», «сын» или «потомок». То есть Епишенко — это буквально «сын Епиши». Такие фамилии массово закрепились на территории современной Украины и юга России в XVI–XVII веках. Позже, когда носитель фамилии или его потомки оказались в центральных или северных областях России, фамилия «обрусела»: к ней добавили типичный русский суффикс «-ов», превратив Епишенко в Епишенкова.

Такой переход — не редкость. Многие фамилии на «-енко» при переселении в Великороссию получали дополнительное окончание, чтобы вписаться в местную модель образования родовых имён. Судя по тому, что в основе лежит уменьшительная форма (Епиша, а не Епифан), предки Епишенковых были людьми простого сословия: в крестьянской и мещанской среде полные имена в быту почти не использовали, заменяя их краткими вариантами.

Точное место и время возникновения фамилии сейчас установить сложно — письменные источники по таким «народным» фамилиям часто фрагментарны. Но сам механизм её образования (греческое имя → народная форма → украинский патроним на «-енко» → русское окончание «-ов») ясно показывает, как пересекались языковые и культурные традиции разных славянских земель.