Фамилия Ернин образована по простой и распространённой модели: к основе на -а или -я добавляется суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Это значит, что в основе лежит прозвище или имя Ерня. Такая форма характерна для северных и центральных областей России, где суффикс -ин встречается чаще, чем в южных говорах.

Само имя Ерня — это, скорее всего, уменьшительная форма от канонического имени Ермолай (в переводе с греческого «вестник народа») или от Ермил (от греческого «гермесов»). В русской традиции имена часто усекали до первого слога или меняли звучание: Ермолай превращался в Ермошу, Ершу, а затем и в Ерню. В некоторых говорах Ерней могли называть и человека с именем Еремей (древнееврейское «возвышенный Богом»). Таким образом, Ернин — потомок человека, которого в быту звали Ерня, а полное имя скорее всего было церковным.

Менее вероятная, но возможная версия — прозвищное происхождение от слова «ерник», которое в диалектах означало «мелкий кустарник», «ершистый, сварливый человек» или «беспутный гуляка». Если прозвище Ерня дали за характер, то фамилия несёт оттенок поведенческой характеристики предка. Однако для образования фамилии чаще брали полную форму прозвища (Ерников, Ернищев), а Ернин выглядит как типичная «сыновья» форма от личного имени.

Географически фамилия Ернин встречается в основном в Вологодской, Архангельской, Кировской областях и в Пермском крае. Это совпадает с зоной бытования имён Ермолай и Ермил, а также с регионами, где активно использовались уменьшительные формы на -ня. Встречается фамилия и у русских староверов, которые часто сохраняли архаичные имена и прозвища.

В отличие от фамилий на -ов (Ернов), которые могли образоваться от полной формы имени Ер, Ерня — это именно ласкательный или обиходный вариант. Поэтому Ернин — фамилия, прямо указывающая на личное имя предка, без дополнительных профессиональных или сословных оттенков.