Фамилия Ерныхов — редкий случай, когда корень слова почти наверняка не славянский, а тюркский. Основа «ерны» (или «ерн») восходит к тюркскому «ер» — «земля», «место». В сочетании с аффиксом «-ных» это могло означать «земляной», «относящийся к земле», или же быть прозвищем человека, связанного с землёй — крестьянина, землемера, владельца надела. Суффикс «-ов» в конце — стандартный русский патронимический формант, который прикрепили к основе, когда фамилию адаптировали в русской среде. То есть Ерныхов — это «сын Ерного» или «потомок того, кого звали Ерный».

Географически фамилия тяготеет к южным и восточным регионам России, где исторически был силён тюркский субстрат: Поволжье, Урал, Сибирь. Встречается она нечасто, и это подсказывает, что её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких локальных родов, а не из широко рассеянной группы. В переписях и метрических книгах XIX века Ерныховы могли записываться как крестьяне или мещане — типичные сословия для носителей «земляных» прозвищ.

Есть и более спорная версия: связь с диалектным русским словом «ерныкать» — ворчать, брюзжать. Тогда прозвище Ерныха получил бы сварливый человек. Но эта гипотеза слабая: слово редкое, а суффикс «-ых» в основе фамилии нехарактерен для чисто русских прозвищных моделей (обычно было бы Ерныкин или Ерныков). Тюркское происхождение выглядит убедительнее.

Интересная деталь: фамилия Ерныхов стоит в ряду таких же редких тюркско-русских гибридов, как Ермаков, Ершов, но с другим суффиксом. Если Ермаков — от имени Ермак (тюрк. «разбойник»), то Ерныхов — от более прозаичного «земельного» корня. Это показывает, как в русских фамилиях закрепились не только имена, но и бытовые характеристики из соседних языков.