Фамилия Ерныхова — женская форма фамилии Ерныхов. Её основа, Ерных, скорее всего, восходит к прозвищу или мирскому имени Ерныш, которое в свою очередь связано с диалектным словом «ерныш» — так в некоторых говорах называли маленького, юркого, непоседливого человека, ёршика. Слово «ерныш» — однокоренное с «ерш» и «ерзать», то есть вертеться, не сидеть на месте. Таким образом, прозвище Ерныш могли дать подвижному ребёнку или суетливому взрослому, а форма Ерных возникла как вариант произношения или написания — через «х» вместо «ш» (сравните: Панфил — Панфилов, но Панько — Паньков; переход «ш» в «х» встречается в народной речи, например, «ерных» вместо «ерныш»).

Фамилия образована по типичной русской модели с суффиксом -ов, указывающим на принадлежность: Ерныхов — сын Ерныха. Суффикс -ых/-их в фамилиях встречается реже, и здесь он не используется: окончание -ова — это стандартное окончание женского рода от фамилии на -ов. В географическом плане фамилия Ерныхов редкая. Основной массив носителей зафиксирован в Поволжье, особенно в Нижегородской области и в Чувашии, где встречаются однокоренные фамилии вроде Ернышов, Ернышев. Это указывает на то, что фамилия могла возникнуть в среде крестьян или посадских людей, где прозвища часто становились основой для фамилий.

Поскольку фамилия редкая, её носители в прошлом, скорее всего, были выходцами из одной или нескольких соседних деревень. Прямых упоминаний в известных ономастических словарях нет, но модель образования и семантика прозвища хорошо вписываются в систему русских фамилий, описанную, например, в работах Б. Унбегауна. В дореволюционных переписях такие фамилии могли записывать как Ернышов, Ерныхов, Ернышев — в зависимости от грамотности писаря и местного произношения.