Фамилия Евсеенков образована от имени Евсей — производной формы канонического имени Евсевий. В переводе с греческого eusebes означает «благочестивый». Корень здесь очевиден: в основе лежит народная, разговорная версия церковного имени, которая в быту вытеснила полную форму. В ономастике такие случаи называют «усечением» — имя сокращали для удобства, а потом от этого сокращения и пошла фамилия.

Ключевая деталь, по которой можно определить регион возникновения, — суффикс -енко. В русской фамильной системе он характерен для восточно-украинских земель. Если бы фамилия формировалась в северных или центральных областях России, скорее всего, появился бы вариант Евсеев или Евсюков. Суффикс -енко изначально был уменьшительным или указывал на сына: Евсеенков буквально значит «потомок Евсея». Со временем семейное прозвание закрепилось и перестало осознаваться как указание на родство.

Любопытно, что в некоторых говорах имя Евсей путали с именем Овсей (от Овсей — народная форма имени Евсевий, но иногда связываемая с овсом). Однако для фамилии Евсеенков эта версия маловероятна: написание через «е» устойчиво указывает на исходное имя, а не на сельскохозяйственную метафору.

Сословная принадлежность первых носителей не зафиксирована документально, но по модели образования можно предположить, что фамилия возникла в среде крестьян или казаков. В XIX веке Евсеенковы встречаются в документах Харьковской, Полтавской и Курской губерний — то есть как раз на стыке украинских и южнорусских территорий, где суффикс -енко был нормой.