Фамилия Евсеенкова образована от имени Евсей, являющегося краткой формой канонического мужского имени Евсевий, образованного от греческого «eusebes» — «благочестивый». Со временем, вероятно, род Евсеенковых переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса «-ов».