Фамилия Евсеенкова рассказывает о предке, которого звали Евсей. Это краткая, народная форма канонического мужского имени Евсевий. Греческое слово «eusebes», от которого оно произошло, означает «благочестивый». Таким образом, в основе фамилии лежит не прозвище или ремесло, а личное имя, данное при крещении.

Сама фамилия образована по модели, характерной для южных и западных регионов России, а также Украины и Беларуси. Суффикс «-енко» здесь первичен, он указывает на происхождение: Евсеенко — сын или потомок Евсея. В русском языке эта форма со временем обросла дополнительным патронимическим суффиксом «-ов», что дало вариант Евсеенков. Такое двойное суффиксальное оформление — не редкость: фамилии на «-енков» встречаются в пограничных с Украиной областях (Курской, Белгородской, Воронежской) и фиксируют постепенную русификацию исходной украинской или южнорусской фамилии. Со временем, вероятно, род переехал в великорусские земли, где и произошла эта трансформация.

Словообразовательная цепочка выглядит так: Евсевий → Евсей → Евсеенко → Евсеенков. Женская форма Евсеенкова — это просто указание на принадлежность к роду, а не самостоятельное образование. Среди однокоренных фамилий — Евсеев, Евсюков, Евсеенко, и все они восходят к одному и тому же древнему имени, но различаются по территории бытования и времени фиксации.