Фамилия Фартухов — довольно редкая, и её разбор сразу упирается в неочевидную основу. Слово «фартух» в русском языке существует: это диалектный вариант «фартука» (передник), заимствованный из немецкого через польский. Значит, первый и самый прямой путь — прозвище Фартух, которое дали человеку, носившему характерный фартук: портному, повару, кузнецу или торговцу на базаре. В ономастике такие прозвища по предмету одежды или снаряжения встречаются сплошь и рядом, и суффикс -ов просто добавляет значение принадлежности: «сын (или потомок) Фартуха».

Однако есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых южнорусских и украинских говорах «фартух» могло быть не только передником, но и обозначением кожаного фартука кузнеца или парусинового — у маляра. То есть прозвище могло указывать не просто на ремесло, а на конкретную мастеровую специальность, где защитная одежда была обязательной. Кузнецы, например, в документах XVII–XVIII веков нередко фиксировались именно по таким бытовым приметам. Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине, хотя встречается и в центральных областях — там, где было сильно польское или малороссийское влияние на лексику.

Морфологически фамилия прозрачна: основа «фартух» плюс типичный русский патронимический суффикс -ов. Никаких редких суффиксов вроде -ин или -ский тут нет, что говорит о позднем, скорее всего, крестьянском или мещанском происхождении: дворянские фамилии чаще образовывались с -ский. Есть однокоренная фамилия Фартуков — она встречается чаще, но её основа «фартук» уже литературная, а не диалектная. Фартухов же сохранил именно народную форму слова, что делает её более живой и локальной.

Спорных версий немного: иногда пытаются возвести «фартух» к тюркским корням, но это натяжка — в тюркских языках нет близкого слова с таким значением, а заимствование из немецкого (Vortuch — «передник») хорошо документировано. Так что, скорее всего, предок носителя фамилии Фартухов был человеком, чья работа требовала фартука, и прозвище закрепилось за ним или его детьми. Никакой тайны, только ремесло и диалект.