Фамилия Фатовский — типичный пример русского «географического» суффикса -ский, который указывает на связь с местом. Чаще всего такие фамилии получали дворяне по названию своего поместья или выходцы из духовенства при поступлении в семинарию. В основе фамилии лежит топоним — название населённого пункта Фатово или Фатовка. Такие деревни и хутора встречались в разных губерниях, особенно в центральной России и на юге. Следовательно, первый носитель фамилии Фатовский был либо помещиком, владевшим селом Фатово, либо выходцем из этого села, получившим фамилию при переезде или при обучении.

Корень фат- в этой фамилии не имеет отношения к слову «фат» (щеголь, хлыщ) в его нынешнем значении. Скорее всего, он восходит к диалектному или личному имени. В русских говорах слово «фат» могло означать «толстяк» или «увалень» — такое прозвище давали полному, медлительному человеку. От этого прозвища и пошло название деревни Фатово: «место, где живут Фаты». Есть и менее вероятная версия — от канонического имени Фатей (производное от Фаддей), но для фамилии Фатовский она слаба, так как суффикс -ов- обычно образует фамилии от прозвищ, а не от крестильных имён.

Особенность фамилии — её «семинарский» оттенок. Фамилии на -ский в среде духовенства давали намеренно, чтобы оторвать будущего священника от «простонародной» фамилии отца. Если предок Фатовского был дьячком или поповичем, он мог получить эту фамилию по названию родного села, где служил его отец. В крестьянской среде такие фамилии до реформы 1861 года встречались реже — там преобладали «простые» формы на -ов. Поэтому с большой вероятностью Фатовские — потомки либо мелкопоместных дворян, либо церковнослужителей.

В современной России фамилия редкая, но не исчезнувшая. Её можно встретить в Вологодской, Костромской и Рязанской областях — именно там исторически были деревни Фатово. Носители фамилии, как правило, не связаны между собой прямым родством, что типично для «топонимических» фамилий: разные ветви возникали независимо в разных уездах.