Фамилия Федотиков образована по редкой модели с двойным суффиксом -ик-ов. Такое сочетание встречается в русских фамилиях нечасто: обычно суффикс -ик присоединялся к имени или прозвищу, а затем уже к основе добавляли патронимический суффикс -ов. В данном случае цепочка выглядит так: Федот → Федотик (уменьшительно-ласкательная форма) → Федотиков. То есть предка звали не просто Федотом, а Федотиком — так в крестьянской или мещанской среде могли называть младшего сына, подростка или человека небольшого роста.

Корень фамилии — каноническое имя Феодот (греч. Theodotos — «данный богами»). В русском быту имя упростилось до Федот, стало очень популярным в XV–XVII веках, особенно среди крестьян и посадских людей. От него образовалось множество фамилий: Федотов, Федоткин, Федотищев, Федотьев. Федотиков стоит в этом ряду особняком из-за того, что в основе лежит не полное имя, а его уменьшительная форма с суффиксом -ик. Такие фамилии чаще встречались на севере и северо-востоке России — в Вологодской, Архангельской, Вятской губерниях, где любили ласкательные прозвищные формы.

Вероятнее всего, первый носитель фамилии был сыном человека по прозвищу Федотик. Прозвище могло закрепиться за младшим в роду или за человеком, которого в шутку называли «маленьким Федотом». Со временем прозвище перешло в фамилию, и к XVIII–XIX векам потомки уже писались как Федотиковы. Другие версии — например, связь с диалектным словом «федотик» (так в некоторых говорах называли нерасторопного или простоватого человека) — выглядят менее убедительными, так как имя Федот было настолько распространено, что объяснение через прозвище от имени проще и логичнее.

Фамилия не относится к дворянским — её носителями были в основном крестьяне и мещане. Встречаемость по России невысокая, но устойчивая: Федотиковы живут в Поволжье, на Урале и в Сибири, что говорит о переселенческом движении из северных регионов в XVIII–XIX веках.