Фамилия Федунишин — редкий пример патронимической модели, где к основе присоединился «двойной» суффикс. Если разобрать её по составу, становится ясно, что перед нами не просто «сын Федуна», а скорее «внук» или «потомок по линии отца».

В основе лежит имя Федун — народная, разговорная форма крестильного имени Феодор (от греческого Theodoros — «дар Божий»). В русских говорах Феодор дал целый ряд производных: Федя, Федька, Федул, Федун. Имя Федун было распространено в северных и центральных губерниях, особенно в новгородских и вятских землях. От него образовали отчество Федунин (чей сын? — Федунин), а уже от этого отчества — следующую ступень: Федунишин. То есть суффикс -ин- здесь принадлежит первому отчеству, а -иш- (из -ич- с типичным для некоторых говоров смягчением) — показатель принадлежности по второй степени: «внук Федуна» или «сын Федунина».

Такая модель — отчество от отчества — характерна для западных и юго-западных русских регионов, а также для украинского влияния. Встречается она и у фамилий на -ишин, -ушин, -ышин (Кузьмишин, Илюшин). Фамилия Федунишин, скорее всего, закрепилась в среде крестьян или мещан, где родственные связи обозначали особенно тщательно: в деревне «Федунишиными» могли называть целую ветвь рода, чтобы отличать её от других Федуновых или Фединых.

Интересно, что написание через «и» (Федунишин, а не Федунишен) указывает на фиксацию фамилии в документах XIX — начала XX века, когда грамотеи-писаря старались передать произношение. Встречаются и варианты Федунищев, но они ещё реже. Сегодня фамилия Федунишин — большая редкость, её можно встретить в единичных записях по Ивановской, Костромской областям и на Урале, куда переселенцы унесли свой родовой признак.