Фамилия Федюнин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Федюнин послужило церковное имя Феодор. Федюня — просторечная форма имени Федор. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Федюня, со временем получил фамилию Федюнин. О точном месте и времени возникновения фамилии Федюнин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Федюнин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.