Фамилия Фленов образована от имени Флена, являющегося диалектным вариантом женского крестильного имени Фаина, которое переводится с греческого языка как «блистающая, сияющая». Одной из покровительниц имени является мученица Фаина, день памяти которой отмечается 31 мая. Согласно другой версии, данная фамилия восходит к названию деревни Фленово, расположенной в Смоленской области. Возможно основатель рода Фленовых был уроженцем этого поселения. В результате, потомок женщины, обладающей именем Флена, со временем получил фамилию Фленов.