Фамилия Ганская образована от прозвища или уменьшительного имени Ганя. В основе чаще всего лежит народная форма канонического имени Гавриил (в переводе с древнееврейского — «божественный воин»). Ганя — одна из множества сокращённых форм этого имени, наряду с Гаврей, Гавря, Ганя. Скорее всего, основатель рода Ганских был человеком из простого сословия, а не из знати: такие уменьшительные имена давали в быту, и фамилия закрепилась за крестьянами или мещанами.

Суффикс -ская — отличительная черта фамилий, которые могли указывать на украинское или польское происхождение. В украинской традиции фамилии на -ський (-ский) часто получали по названию местности или по имени отца. Однако в случае с Ганской это, скорее всего, не топонимическая фамилия (не от названия села Ганьск), а патронимическая: «сын Гани». Модель «имя + -ский» встречалась и у русских дворян, но в простонародной среде она была редкостью и чаще попадалась на западе и юге России.

Встречается также редкая версия, что прозвище Ганя могло быть связано с диалектным словом «гань» (позор, бесчестье) или с глаголом «ганить» (хулить, порицать). Но это менее вероятно: имя Гавриил было настолько распространено, что именно от него произошло большинство «Ганских». Так что, скорее всего, фамилия Ганская — это не про позор, а про «божественного воина», который со временем стал просто Ганей.