Фамилия Гапеенковы — один из тех случаев, когда история фамилии «сшита» из двух разных языковых традиций. Основа у неё церковная: крестильное имя Агапий (от греческого «агапэ» — любовь) дало в народном обиходе множество сокращённых форм. Одна из них — Гапей, белорусское или украинское просторечие от Агапа. В православных святцах известно семь святых с этим именем, например преподобный Агапий, послушник в Ватопедском скиту на Афоне.

Но главная особенность Гапеенковых — в суффиксальной «двухслойности». Первый слой — украинско-белорусский патроним на -енко: Гапеенко, то есть «сын Гапея». Такие фамилии массово закреплялись в Поднепровье и на Левобережной Украине в XVI–XVII веках. Второй слой — русский суффикс -ов, который добавился уже после переселения носителей фамилии в великорусские земли. Так потомок Гапея, носивший на родине фамилию Гапеенко, на новом месте стал Гапеенковым: русификация шла через добавление типичного русского окончания к уже сложившейся основе.

Точное место и время этого перехода установить сложно: процесс растянулся на столетия и не фиксировался документально. Но сама модель — украинская основа плюс русский суффикс — встречается нечасто и выдаёт миграционную историю рода. В отличие от фамилий, которые сразу складывались на русской почве (вроде Гапеевых), Гапеенковы сохранили в своей фамилии память о южном происхождении предков.