Фамилия Гапин — одна из тех русских фамилий, чья основа уходит в народную речь, а не в церковный календарь. Она образована с помощью типичного для центральной России суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей сын?» — Гапин. Значит, в основе лежит личное имя или прозвище Гапа.

Самое вероятное объяснение: Гапа — это сокращённая, обиходная форма канонического имени Агапий (от греческого «агапэ» — любовь). В русском языке имя Агапий в народе упрощалось до Агап, а затем и до Гап. Отсюда пошли фамилии Агапов, Агапин и, через усечение первого слога, — Гапин. Такое «отпадение» начальной гласной (Агап → Гап) встречается в русских фамилиях нередко, например, от имени Акинф образовалась фамилия Кинфин.

Менее вероятная, но возможная версия — прозвищное происхождение. В южных и западных говорах «гапа» могло означать «раззява», «ротозей» или даже «гадюка» (в некоторых диалектах). Однако это значение редкое, и для фамилии, распространённой в центральных областях, версия с крестильным именем Агапий выглядит убедительнее.

Географически фамилия Гапин встречается в основном в Центральной России, Поволжье и на Урале. Это указывает на то, что носители фамилии были в основном крестьянами или посадскими людьми, а не дворянами. В дореволюционных переписях Гапины фиксируются, например, в Казанской и Вятской губерниях. Дворянских родов с такой фамилией не известно, что подтверждает её «простонародное» происхождение от личного имени или уличного прозвища.

Таким образом, предок современных Гапиных, скорее всего, носил имя Агапий (Гапа) и был обычным крестьянином или ремесленником. Фамилия сохранила ту форму, в которой имя бытовало в живой речи, без книжных «оглаголиваний».