Фамилия Генинов — редкий случай, когда основа не уводит в толщу веков, а прямо указывает на конкретного человека, основавшего династию. В подавляющем большинстве случаев это отчество от имени Генин, которое, в свою очередь, образовано от крестильного имени Геннадий. Но есть нюанс: суффикс -ов, а не -ин, что для фамилий от имён на -ий (Геннадий → Генин) нехарактерно. Обычно форма Генины была бы ожидаема, но здесь сработала другая модель — от просторечной, усечённой формы Гена.

Вероятнее всего, фамилия происходит от прозвища или уменьшительного имени Геня, которое бытовало в народной среде. Геня — это и Геннадий, и, что важно, Иннокентий (вспомните распространённое Кеша, но в некоторых говорах — Гена). Суффикс -ов в фамилии Генинов указывает на то, что её первым носителем был сын человека по прозвищу Генин — то есть «Генин сын». Получается двойное патронимическое указание: сначала отчество Генин (чей? — Генин), потом фамилия от этого отчества.

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским корнем. В татарском и башкирском языках есть слово «гена» (или «гина»), означающее «только», «лишь», а также имя Гени, которое могло быть прозвищем. Однако для утверждения этой гипотезы нет достаточных данных: фамилия не массовая на Урале или в Поволжье, где такие влияния сильны.

Географически фамилия Генинов встречается редко и разрозненно, без явного «гнезда». Это говорит о том, что она возникла не в крестьянской среде большого села (где фамилии часто тиражировались), а, скорее, у однодворцев или в среде мелких служилых людей, где фиксация отчества была более индивидуальной. По сути, Генинов — это «внук Гени», и фамилия эта молодая: она оформилась не раньше XVII–XVIII веков, когда отчества начали закрепляться как наследственные фамилии.