Фамилия Генин (в женском роде — Генина) образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии послужило церковное имя Геннадий. Мужское крестильное имя Геннадий в переводе с греческого языка означает «человек из благородного рода». В основу фамилии легла производная, обиходная форма имени — Гена. Модель образования проста: к основе «Ген-» добавили русский патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — «Генин», то есть сын Гены). Такая же модель работает в фамилиях Ильин, Фомин, Кузьмин.

Покровителями этого имени являются несколько святых. Геннадий Константинопольский — патриарх, защитник православной веры и благочестия, живший в V веке. По преданию, он исцелил руку живописца, дерзнувшего изобразить лицо Спасителя похожим на лицо идольское. Также преподобный Геннадий Костромской, живший в XVI веке и основавший монастырь близ реки Костромы. Он был смиренным, прозорливым, имел дар исцеления. Боярыне Юлиании Федоровне Захарьевой Геннадий предсказал, что ее дочь Анастасия будет царицей. И действительно — Анастасию избрал в жены великий князь Иоанн Васильевич, будущий царь Иоанн IV Грозный. Преподобный Геннадий написал «Наставление первоначальному иноку» — исторически ценный текст, описывающий древнее иноческое житие.

Скорее всего, основатель рода Гениных был человеком из рабочей или крестьянской среды. Фамилии на -ин в массе своей закрепились именно в непривилегированных сословиях, тогда как дворянство чаще носило фамилии на -ов/-ев или -ский.

Согласно другой, менее вероятной гипотезе, данная фамилия ведет начало от еврейского женского имени Геня, которое означает «приятная, красивая» или «благо, радость». Однако эта версия слабее: во-первых, фамилия Генин встречается в русской среде, а не только у евреев, во-вторых, модель «женское имя + -ин» для русских фамилий нетипична — обычно так образовывали фамилии от мужских прозвищ и имен.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования фамилий был длительным и регионально неравномерным. Фамилия Генин — не редкая, но и не массовая. Её можно встретить в центральной России и Поволжье. Она представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры, сохранивший в себе память о предке по имени Гена.