Фамилия Главанаков — редкая и структурно прозрачная. Её основа — «Главанак» — явно восходит к слову «главный» и суффиксу -ак. В русских фамилиях суффикс -ак часто придаёт прозвищу оттенок характерности или принадлежности к чему-то: «главняк» или «главанак» могло означать «главный человек», «старший», «начальник». Подобные прозвища давали либо по должности (староста, атаман, военный командир), либо в ироничном смысле — человеку, который любил командовать или считал себя главным.

Вторая часть фамилии — суффикс -ов — указывает на русскую модель образования: «сын Главанака». То есть фамилия закрепилась за потомками человека с таким прозвищем. Вероятнее всего, она возникла в среде крестьян или казаков, где прозвища с -ак были особенно распространены (сравните: Глазак, Костяк, Гуляка). В дворянской среде такие формы встречаются реже — там преобладали фамилии на -ский или -ов от полных имён.

Географически фамилия Главанаков, скорее всего, связана с южнорусскими или украинскими регионами: там суффикс -ак встречается чаще, а слово «главный» в прозвищах могло относиться к атаману или старшему в общине. Встречается она и в донских казачьих списках — в XIX веке такие прозвища фиксировали по станицам. Однако фамилия остаётся локальной, не массовой; её носители, по данным современных переписей, сосредоточены в Волгоградской и Ростовской областях, а также на Кубани.

Есть и другая версия: в основе может лежать тюркское слово «глава» в значении «голова» (как часть тела), но это маловероятно — русская морфология и прозрачность корня говорят в пользу славянского происхождения. Спорных гипотез здесь не так много, и самая правдоподобная — прозвище от должности или характера.