Фамилия Годованюк — звонкий пример украинской модели фамилий на -юк, которая в Поднепровье, на Волыни и в Галиции заменяла великорусское -ов. Суффикс -юк означает «маленький» или «сын», так что Годованюк — это буквально «маленький Годован» или «сын Годована». В основе лежит прозвище Годован, которое, по самой прямой версии, восходит к украинскому слову «годованець» — так называли приёмного ребёнка, воспитанника, а то и просто нахлебника, человека, которого «годують», то есть кормят и содержат чужие люди. Скорее всего, такое прозвище мог получить приёмыш, живший в семье не по крови, а по милости, или же взрослый, находившийся на чужом иждивении.

Есть и вторая, менее распространённая гипотеза: прозвище Годован могли дать человеку, связанному со словом «годованник» — в некоторых говорах так называли того, кто выслужил срок, отслужил своё, «годовал». В этом случае прозвище могло закрепиться за отставным солдатом или работником, отходившим положенный срок у хозяина. Обе версии не противоречат друг другу: и в том, и в другом случае прозвище указывало на зависимое положение человека — либо по рождению, либо по социальной роли.

Словообразовательная модель на -юк для украинских фамилий очень продуктивна (сравните: Грицюк от Грицько, Павлюк от Павло). Поэтому фамилия Годованюк — типичная патронимическая, то есть указывающая на отца: «чей сын?» — Годованюк. В польских метриках и реестрах XVIII–XIX веков похожие фамилии (Годованец, Годованый) встречаются на Подолье и в Галиции, что подтверждает юго-западное происхождение рода.

Сословной привязки у фамилии нет: Годованюки могли быть как крестьянами, так и казаками или мещанами. Фамилия не редкая, но и не массовая — встречается преимущественно в западных и центральных областях Украины, а также среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке.