Фамилия Голдабенкова — редкий случай, когда основа слова не укладывается в привычные славянские модели. Если отбросить окончание -а (женский род) и суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»), остаётся корень Голдабенк-. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или даже от географического названия, которое пришло в русский язык через польское или украинское посредничество.

Наиболее логичная версия связывает эту фамилию с немецким словом «Gold» (золото) и славянским суффиксом -енк(о). В таком случае исходное прозвище Голдабенко могло означать «золотой бен» — то есть человек, имеющий отношение к чему-то ценному, либо прозвище с ироничным подтекстом. Суффикс -енко характерен для украинских и белорусских фамилий, где он обозначает потомка или мастера. Сама фамилия Голдабенкова — это форма женского рода от мужской Голдабенков, то есть «жена или дочь Голдабенка».

Версия с географическим названием тоже имеет право на существование. В Польше и на западе Украины встречаются топонимы с корнем «Голдаб» (например, город Голдап в Польше). Переселенец из тех мест мог получить прозвище Голдабенко, которое затем закрепилось как фамилия. Суффикс -енко в этом случае указывал бы на выходца из определённой местности.

С точки зрения словообразования, фамилия интересна тем, что в ней сочетается иноязычный корень и типичный русский суффикс принадлежности -ов. Это говорит о том, что носители фамилии, вероятно, жили в среде, где русские патронимические модели уже вытеснили украинские. Встречаемость фамилии крайне низкая, она не фиксируется в массовых справочниках вроде словаря Унбегауна, что подтверждает её локальный характер. Скорее всего, предки носительницы фамилии были крестьянами или мещанами из западных губерний Российской империи, которые в XIX веке переселились в центральную Россию или на Урал.