Фамилия Гомоненко образована по типичной для восточнославянских земель модели: к основе, в данном случае прозвищу Гомон, добавили украинский суффикс -енко. Этот суффикс изначально означал «сын» или «потомок», то есть Гомоненко — буквально «сын Гомона». Такая модель была особенно распространена в Левобережной Украине и на юге России, где фамилии на -енко стали массовыми в XVII–XVIII веках. Поэтому географически фамилия скорее всего имеет украинские или южнорусские корни, хотя встречается и в других регионах из-за миграций.

Прозвище Гомон связано с глаголом «гомонить» — шуметь, кричать, громко разговаривать. Это слово активно употреблялось в западнорусских говорах, а также на Украине и в Белоруссии. Соответственно, Гомоном могли назвать человека шумного, крикливого, вздорного или просто очень разговорчивого. В старину прозвища такого рода не обязательно несли отрицательный оттенок — они могли просто фиксировать яркую черту поведения, по которой человека знали в округе.

Интересно, что слово «гомон» имеет и другое значение — в некоторых говорах так называли неясный, слитный шум, гул голосов. Менее вероятно, но возможно, что прозвище могло относиться к человеку, который жил в шумном месте или сам создавал вокруг себя постоянный гул. Однако первая версия — от свойства характера — выглядит убедительнее, поскольку прозвища чаще всего давали по личным качествам, а не по обстановке.

Со временем прозвище Гомон закрепилось как наследственное имя и в документах превратилось в фамилию Гомоненко. В официальных записях оно полностью вытеснило прежнее родовое имя, как это часто случалось у казаков и крестьян. Сословная принадлежность первых носителей фамилии скорее всего была простой — казацкой или крестьянской, поскольку именно в этих слоях фамилии на -енко были преобладающими.

Родственные фамилии — Гомонов, Гомонин, Гомонюк — образованы от той же основы, но с другими суффиксами. Сравнение с ними показывает, что корень «гомон» был достаточно распространён в прозвищной традиции, что подтверждает его живую обиходность в прошлом.