Фамилия Гомонов образована от прозвища Гомон, которое восходит к слову «гомонить» — «шуметь, кричать». Гомоном могли прозвать излишне разговорчивого, крикливого или вздорного человека. Таким образом, фамилия указывает на особенности характера предка и его манеру говорить.

Глагол «гомонить» употреблялся преимущественно в южных говорах, на Украине и в Белоруссии. Поэтому фамилия Гомонов может косвенно указывать на географическое происхождение рода — скорее всего, предки жили в этих регионах.

Модель образования типична для русских фамилий: прозвище Гомон плюс суффикс -ов, означающий «сын» или «потомок». Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит не прозвище, а мирское имя Гомон: в древнерусской традиции детей называли именами, отражающими их поведение или обстоятельства рождения.

Встречаются однокоренные фамилии: Гомонин, Гомонюк, Гомоненко. Они образованы по той же модели, но с разными суффиксами, что подтверждает широкое бытование прозвища в разных славянских говорах.