Фамилия Гончурина — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Гончурин. Она образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Гончурин, то есть сын или потомок Гончура. Основа здесь — прозвище или некалендарное имя Гончур.

Самая вероятная версия связывает Гончура с глаголом «гончать» или «гонять». В северных и сибирских говорах «гончуром» могли называть человека, который гоняет скот, пастуха, или же возчика, ямщика — того, кто постоянно в разъездах, «гоняет лошадей». В этом случае фамилия профессиональная: предок носителя был либо пастухом, либо извозчиком.

Менее распространённая, но возможная гипотеза — связь с диалектным словом «гончар» (гончар, горшечник). В некоторых говорах, особенно на юге России и в Белоруссии, «ч» и «ц» могли смешиваться, и «гончар» превращалось в «гончур». Тогда фамилия Гончурин означала бы «сын гончара» — ремесленника, делавшего глиняную посуду. Однако эта версия менее надёжна, так как форма Гончаров (от «гончар») гораздо распространённее и исторически устойчивее, а Гончурин — вариант более редкий и локальный.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Уралу — регионам, где активно развивался извоз и скотоводство. Встречается она нечасто, что говорит о её узко-местном происхождении, возможно, от одного конкретного рода в определённой деревне. Суффикс -ин в данном случае не указывает на дворянство или крестьянство — по этой модели образовывали фамилии все сословия, так что предки Гончуриных скорее всего были крестьянами или посадскими людьми, занятыми в перевозках или пастушестве.