Фамилия Горбаконь представляет собой фонетический вариант фамилии Горбоконь, которая ведет начало от аналогичного прозвища. Само же прозвище может быть связано со словосочетанием «горбатый конь». Такое прозвище, вероятнее всего, принадлежало трудолюбивому крестьянину или тому, кто выполнял тяжелую работу: и горб, и лошадь в народном представлении ассоциировались с трудной работой. Это подтверждается распространенными на Руси пословицами и поговорками о работе: «живи всяк своим добром, да своим горбом», «от работы (от сохи) не будешь богат, а будешь горбат», «живи всяк своим добром, да своим горбом» (то есть своим трудом), «гнуть спину» (в значении «трудиться»), «работать как лошадь». Возможно также, что прозвище Горбоконь было дано крестьянину, который в своем хозяйстве имел старую, горбатую лошадку. Так и прозвище Горбоконь закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Горбаконь. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Горбоконь, со временем получил фамилию Горбаконь. Фамилия Горбаконь встречается в некоторых исторических документах. Так, в архивных источниках Казахстана отмечен Горбаконь Константин Афанасьевич, который родился в 1896 году в Харьковской губернии, в Купянском уезде, слободе Преображенье.