Фамилия Горбаконь — это не просто вариант, а фонетически переоформленная форма более распространённой фамилии Горбоконь. Разница в написании объясняется аканьем: в безударном положении «о» перешло в «а», и на письме закрепился тот вариант, который был ближе к произношению. Такие случаи типичны для южнорусских и украинских говоров, откуда, судя по всему, и пошла эта фамилия.

В основе лежит прозвище Горбоконь, которое состоит из двух корней: «горб» и «конь». Слово «горбатый» в народной речи имело не только прямое значение — физический изгиб спины, но и переносное: сгорбленный от непосильной работы. Образ горбатого коня — это метафора тяжёлого труда, где оба элемента указывают на одну и ту же идею. На Руси говорили: «живи всяк своим добром, да своим горбом», «от работы не будешь богат, а будешь горбат», «работать как лошадь». Прозвище могли дать крестьянину, который гнул спину с утра до ночи, или тому, кто держал в хозяйстве старую, уже горбатую лошадёнку.

Модель образования фамилии — типичная для восточнославянской ономастики. Суффикс отсутствует, фамилия представляет собой чистое прозвище в именительном падеже. Такие «прозвищные» фамилии без суффиксальной прибавки (-ов, -ин) характерны для украинской и белорусской традиции, хотя встречаются и у русских, особенно в южных регионах.

Известен один задокументированный носитель: Горбаконь Константин Афанасьевич, родившийся в 1896 году в Харьковской губернии, в Купянском уезде, слободе Преображенье. Эта запись из архивов Казахстана подтверждает южное происхождение фамилии и связь с территорией Слобожанщины, где аканье было нормой речи. Таким образом, фамилия Горбаконь — это не ошибка писаря, а закономерный фонетический вариант, закрепившийся в документах именно в таком виде.