Фамилия Горковец — одна из тех, что прямо указывает на место, откуда родом её первый носитель. В основе лежит прозвище, данное человеку по названию села или деревни. Самые вероятные географические точки — село Горково в Искитимском районе Новосибирской области или деревня Горково в Новосокольническом районе Псковской области. Эти топонимы, в свою очередь, образованы от нарицательного «гора»: предок Горковец, скорее всего, родился или жил в таком месте.

Модель образования фамилии типична для восточнославянской ономастики. Суффикс -ец в фамилиях такого типа (сравните: Ростовец, Киевец, Полтавец) указывает на выходца из определённой местности. То есть Горковец — это «тот, кто из Горкова». Такая схема была особенно распространена в среде крестьян и казаков, которым прозвище по месту жительства давали при переезде на новое место.

Существует и альтернативная, менее распространённая версия, которая связывает фамилию с краткой формой имени Григорий — Горко. Григорий в переводе с греческого означает «бодрствующий, бдительный». В этом случае фамилия образована напрямую от имени, минуя стадию прозвища по месту жительства. Однако первая версия — топонимическая — выглядит убедительнее, поскольку суффикс -ец в фамилиях, производных от имён, встречается значительно реже и обычно имеет другой оттенок (например, уменьшительный).

В написании фамилии стоит обратить внимание на безударную гласную в корне: Горковец пишется через о, хотя в разговорной речи нередко слышится «Гарковец». Аналогичная фамилия, но с другим суффиксом — Горков — распространена гораздо шире и также восходит к тем же топонимам или прозвищам.