Фамилия Горковцева — женская форма фамилии Горковцев, и её происхождение лежит в области прозвищ, связанных с местом жительства или особенностями ландшафта. Основа «горк-» восходит к слову «горка» — уменьшительной форме от «гора». В русской ономастике суффикс -овц-/-евц- встречается реже, чем простой -ов, и обычно указывает на выходца из определённой местности. Так, Горковцев — это буквально «житель с Горки» или «тот, кто с Горок». Подобная модель образования фамилий (по названию деревни или урочища) была распространена в северных и центральных губерниях России, где селения часто называли по рельефу: Горка, Горки, Подгорье.

Слово «горка» в древнерусском языке имело не только прямой топографический смысл, но и переносное — так могли называть возвышенное, сухое место среди болот или поймы, пригодное для поселения. Поэтому предок носителя фамилии мог жить в деревне с названием Горки или Горка, которых в России сотни. Интересно, что фамилия Горковцев встречается преимущественно в Пермском крае и Кировской области, что совпадает с ареалом бытования топонимов «Горка» в форме множественного числа. В этих местах фамилия фиксируется в метрических книгах XIX века, причём чаще у крестьян и мещан — сословный состав типичен для фамилий на -овцев, образованных от названий небольших селений.

Менее вероятна, но возможна связь с прозвищем Горковец от слова «горький» (через диалектное «горковый» в значении «терпкий» или «горький на вкус»). Однако такая версия слабее, поскольку суффикс -овец в прозвищах от прилагательных почти не встречается — он характерен именно для оттопонимических фамилий. Для сравнения: аналогичную модель мы видим в фамилиях Козловцев (из Козловки), Петровцев (из Петрова) и т.п. Таким образом, фамилия Горковцева — это указание на географическое корни: предки, скорее всего, были выходцами из деревни Горка или Горки, и прозвище закрепилось за родом как фамильное имя.