Фамилия Горунина — женская форма, мужской вариант — Горунин. Она образована по продуктивной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Горунин, то есть сын или потомок Горуни. Основа здесь — прозвище или некалендарное личное имя Горуня.

Что скрывается за этим именем? Самый прямой путь — от глагола «гореть» (или «горевать»). В русских говорах «горуня» могли назвать человека, пережившего пожар, погорельца, либо того, кто много и горько плачет, печалится. В ономастике такие прозвища по внешним обстоятельствам или характеру — обычное дело. Менее вероятна связь с топонимом (названием места), но и её не стоит сбрасывать со счетов: в некоторых областях «горунья» — диалектное название возвышенности или холма, и прозвище могло закрепиться за выходцем с такой местности.

Интересная деталь: суффикс -ун(я) в основе (Гор-ун-я) типичен для прозвищ, образованных от глаголов (крикун, ворчун, бегун). Он придаёт имени оттенок склонности к действию, постоянного признака. То есть Горуня — это не просто «тот, кто горел», а скорее «тот, кто склонен к горю, кто часто в печали». Впрочем, в крестьянской среде прозвища часто давали по одному яркому случаю, и со временем отвлечённое значение стиралось.

Фамилия не слишком распространена, встречается в центральных и северных областях России, а также в Поволжье. Вариант написания с двумя «н» (Горунинна) — ошибка, так как суффикс -ин одинарный. В дореволюционных метриках можно встретить написание «Гарунин» — из-за акающего произношения, но это уже другая, хотя и родственная, ветвь.