Фамилия Горунов образована от прозвища Горуня. Чаще всего так называли человека, склонного к грусти, печали или постоянно жалующегося на жизнь — значение напрямую связано с глаголами «горевать», «горюниться». В говорах эти слова означали не только тосковать, но и бедствовать, терпеть нужду. Однако у этого прозвища есть и другая, более тёплая сторона: в некоторых областях «горе», «горюнок», «горюша» — ласковое обращение к ребёнку, вроде «милый», «любимый». Исследователи считают первый вариант — от печального нрава или тяжёлой судьбы — более вероятным для основы фамилии.

Модель образования простая: к основе Горун- добавлен типичный русский суффикс принадлежности -ов, означающий «сын Горуни» или «из семьи Горуни». Поэтому фамилия Горунов — одна в ряду с однокоренными Горев, Горемыкин, Горюнков, Горюнов, Горяев. Все они восходят к тому же корню «гор-», но через разные прозвищные формы.

Отдельного внимания заслуживает редкое диалектное значение слова «горюн». В ярославских говорах так называли факельщика в похоронном обряде. Если предок носителя фамилии происходил именно из тех мест, его прозвище могло быть связано не с характером, а с профессией — человеком, который нёс факел во время погребальной процессии. Эта версия менее распространена, но показывает, как одно и то же слово в разных регионах могло дать совершенно разные по смыслу прозвища, а затем и фамилии.