В основе фамилии Горунова лежит прозвище Горуня. Чаще всего его связывают с глаголом «горевать» или «горюниться» — то есть тосковать, печалиться, а в некоторых говорах — бедствовать, нуждаться. Однако у этого корня есть и другое, противоположное по окраске значение: в диалектах «горюнок», «горюша» — ласковое обращение к ребёнку, почти «милый, любимый». В ярославских говорах «горюн» называли факельщика в похоронном обряде. Несмотря на эти варианты, версия с прозвищем печального или нуждающегося человека остаётся основной: именно она объясняет и родственные фамилии — Горев, Горемыкин, Горюнов, Горяев.

Суффикс -ов- в фамилии Горунова указывает на стандартную модель русских фамилий: он присоединялся к основе прозвища, образуя притяжательное прилагательное («чей?» — Горунин сын). Со временем форма застыла в женском роде, как это часто бывает в документах: Горунова — буквально «дочь или жена Горуни». Мужской вариант — Горунова — встречается реже, но тоже возможен.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России. Встречается в архивных записях по Вологодской, Костромской и Ярославской губерниям — там, где диалектное слово «горюн» было в ходу. В современных телефонных справочниках Горунова нередка в Поволжье и на Урале, что говорит о миграции носителей в XIX–XX веках.

Интересная деталь: в отличие от фамилии Горюнов, которая образована от той же основы, но с другим суффиксом (-юн-), Горунова сохранила более архаичный вариант прозвища — Горуня. Такая форма характерна для северных говоров, где суффикс -ун- (-ун-) придавал слову оттенок постоянного действия или свойства: «горуня» — тот, кто постоянно горюет. Это же слово могло стать и личным именем-оберегом: в старину детей нарекали «несчастливыми» именами, чтобы отвести от них настоящую беду.