Фамилия Гришаткин происходит от мужского крестильного имени Григорий, которое в переводе с греческого означает «бодрствующий» или «бдительный». Однако в основе фамилии лежит не полная форма имени, а его уменьшительно-ласкательный вариант — Гришатка. Такие «домашние» формы в русском языке образовывали с помощью суффикса -атк-/-ятк- (например, Васятка, Петятка, Митятка). Со временем прозвище или обиходное имя Гришатка закрепилось за человеком, а его дети и внуки стали носить фамилию Гришаткины — то есть «чьи?» — принадлежащие Гришатке.

Суффикс -ин в этой фамилии указывает на притяжательный способ образования, типичный для русских фамилий, произошедших от имен или прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. То есть модель здесь та же, что и в фамилиях Пушкин, Ильин, Голицын: основа на гласный плюс суффикс -ин.

Интересно, что форма Гришатка встречается преимущественно в южных и западных говорах — на территориях, где было распространено «аканье» и «яканье». В северных и центральных регионах чаще использовали вариант Гриша (отсюда Гришин) или Гришка (отсюда Гришкин). Фамилия Гришаткин, таким образом, может указывать на географические корни рода: её носители, скорее всего, происходят из областей, где в обиходе была именно форма Гришатка — например, из Рязанской, Тамбовской, Курской губерний.

В ономастических справочниках фамилия Гришаткин не относится к числу самых распространённых, но её структура прозрачна. Сравните с однокоренными Гришаков, Гришаев, Гришанов — они образованы от той же основы, но с разными суффиксами, что говорит о разнообразии народных форм имени Григорий.