Фамилия Губанищев образована от прозвища Губанище, а оно, в свою очередь, — от более простого прозвища Губан. Губаном на Руси называли человека с толстыми, пухлыми губами. Но было и второе, переносное значение: так могли прозвать обидчивого человека, который «дул губы», то есть часто ходил с надутым видом. Оба варианта вполне правдоподобны и бытовали в крестьянской среде.

Ключевая деталь этой фамилии — суффикс -ищ- в исходной основе «Губанище». В русском языке этот суффикс часто придаёт слову значение увеличенности, крупности. Если «Губан» — просто обладатель толстых губ, то «Губанище» — человек с очень большими, заметными губами или, возможно, человек крупного, мощного телосложения в целом. Такая модель словообразования (основа + -ищ- + -ев) встречается реже, чем простые патронимы на -ов, что делает фамилию более характерной и выразительной.

Таким образом, фамилия Губанищев дословно означает «потомок Губанища». Основатель рода получил яркое прозвище по внешней примете или особенности характера, а суффикс фамилии указывает на принадлежность к этому человеку. В отличие от фамилий Губанов или Губин (от той же основы «губа»), вариант с -ищ- сохранил память о том, что прозвище было не просто описательным, а подчёркивало масштаб или выразительность черты.