Прозвище Губанищ, от которого образована фамилия Губанищева, восходит к нарицательному «губа» - «кожная складка, образующая край рта». Вероятно, такое прозвище получил человек с толстыми, пухлыми губами. Возможно, что так назвавли обидчивого, то есть склоннго дуть губы, человека. Суффикс –ищ-, который участвует в образовании прозвища имеет усилительное, увеличительное значение. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Губанищ, со временем получил фамилию Губанищева.