Фамилия Губанищева образована от прозвища Губанищ. В его основе лежит слово «губа» — кожная складка, образующая край рта. Суффикс -ищ- здесь несёт усилительное и увеличительное значение, поэтому прозвище описывало человека с очень толстыми, пухлыми губами. В народе такое прозвище могли дать и обидчивому человеку, склонному «дуть губы». Со временем потомки обладателя прозвища Губанищ закрепили за собой фамилию Губанищева.

Модель образования фамилии типична для русской ономастики: прозвище на -ищ превратилось в основу, к которой добавили патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягкой основы). Фамилия встречается редко, что указывает на локальное бытование прозвища в определённой местности. Сравнить её можно с однокоренными фамилиями Губанов, Губарев, Губин — все они восходят к той же основе «губа», но различаются суффиксами и оттенками значений. В случае Губанищева акцент сделан именно на яркой, бросающейся в глаза внешней черте, что делает фамилию не просто наследственным именем, а живым свидетельством прозвищной традиции.