Фамилия Губанькова — женская форма от Губаньков, а разбирать её удобнее с мужского варианта. В основе фамилии лежит прозвище Губан, которое на Руси давали человеку с заметными, крупными или толстыми губами. Слово «губан» в этом значении фиксируется в русских говорах, и прозвище было нередким: его носили крестьяне, посадские люди, служилые. Фамилии на -ов/-ев образовывались от прозвищ на твёрдый согласный, и Губан → Губанов — самый ожидаемый вариант. Но здесь мы видим суффикс -ьков, что сразу настораживает.

Дело в том, что -ьков — редкая модель. Чаще всего она возникает, когда исходное прозвище оканчивается на -ько: Губанько → Губаньков. В украинском, белорусском и южнорусском диалектах уменьшительная форма на -ько (Губанько) была обычной: она означала «сын Губана» или просто носителя прозвища с ласкательным оттенком. Таким образом, Губаньков — это, скорее всего, выходец из западнорусских или украинских земель, где фамилии на -ько активно переделывали на великорусский лад, добавляя -ов. Вероятно, предок носителя фамилии звался Губанько, а его потомки, попав в среду русского делопроизводства, стали записываться как Губаньковы.

Есть и другая, менее вероятная версия: от слова «губанька» — так в некоторых говорах называли гриб-губу или нарост на дереве. Но прозвищ от названий грибов в русской антропонимии почти не встречается, а вот прозвище Губан по губам — распространённый тип. Поэтому основная гипотеза — через форму Губанько.

В современных справочниках фамилия Губаньков встречается редко, её нет в массовых списках русских фамилий по частотности. Это указывает на локальное бытование, возможно, в областях, граничащих с Украиной, — Курской, Белгородской, Воронежской. Поскольку фамилия образована от яркой внешней приметы, она относится к древнейшему пласту русских прозвищных фамилий, которые давались без специального сословного статуса — и крестьянам, и горожанам, и служилым людям. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.