Фамилия Губанок — редкий пример того, как прозвище отца превратилось в семейное имя с помощью уменьшительного суффикса. В основе лежит прозвище Губа. На Руси так могли назвать человека по двум причинам: либо из-за приметной внешности — толстые, пухлые губы, — либо из-за характера, ведь «губой» в переносном смысле называли обидчивого, плаксивого человека. Таким образом, фамилия могла указывать и на портрет предка, и на его нрав.

Сама модель образования — суффикс -ок (в форме -нок после основ на -н) — типична для восточнославянских фамилий, особенно украинских и белорусских. Губанок буквально означает «сын Губана» или «маленький Губан». А Губан — это уже производное от того же прозвища Губа, но с другим суффиксом, -ан, который придавал слову оттенок грубоватости или увеличительности. То есть цепочка такая: прозвище Губа → производное Губан («человек с большой губой» или «сын Губы») → фамилия Губанок («внук или потомок Губана»).

Фамилии с основой «губ-» фиксируются в документах с XV века. Например, в новгородских писцовых книгах 1495 года упоминается крестьянин Иван Губанов. Позже встречаются Иван Губанов, сведённый в 1555 году на житьё в Казань, и дворянин Алексей Иванович Губанов (1610 год, потомок смоленского выходца). Все эти записи — о фамилиях на -ов, самой распространённой модели. Форма же Губанок — более редкая, она сохранилась преимущественно в регионах, где была сильна традиция украинского или белорусского словообразования: на Левобережной Украине, в Слобожанщине, на юге России.

В отличие от массовых фамилий на -ов, Губанок не попал в дворянские родословные книги — скорее всего, её носили крестьяне или казаки. Суффикс -ок в фамилиях часто указывал на младшего в роду или на сына, который ещё не отделился от хозяйства отца, поэтому такие прозвища дольше держались в сельской среде.