Фамилия Губанцева в своей основе хранит прозвище, связанное с внешностью — «губастый», «губан». В старину так называли человека с большими, толстыми или отвислыми губами. Прозвище было не обидным, а описательным, по характерной черте, и встречалось на Руси повсеместно. От него образовалось множество фамилий: Губанов, Губарев, Губатый, Губин. Но в случае с Губанцевой мы видим редкий словообразовательный ход.

Здесь ключевую роль играет суффикс -цев, который указывает на происхождение от прозвища, оформленного как «Губанец». То есть предка звали не просто Губан, а именно Губанец. Такая форма могла закрепиться за человеком, который пришёл из какой-то местности или села, где жили «губаны», либо была дана для отличия от других однофамильцев. В русской ономастике суффикс -ец часто выделял человека по признаку или месту, а -цев превращал это прозвище в фамилию: «чей сын?» — «Губанцев».

Географически фамилия не массовая, но встречается в центральных и южных регионах России, особенно в бывших казачьих областях. В документах XVII–XVIII веков фиксируются казаки с прозвищем Губанец, что говорит о возможной связи с вольными поселениями. В отличие от более распространённой фамилии Губанов (от «губан»), Губанцева осталась в меньшинстве, что делает её своеобразным маркером конкретного рода, а не массового прозвища.