Фамилия Губанцов образована по очень конкретной и прозрачной модели, что сразу даёт ключ к её происхождению. В основе лежит прозвище Губанец, а суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей сын?» — «Губанцов», то есть потомок человека по прозвищу Губанец. Само прозвище Губанец в русских говорах имело два основных значения, и оба связаны с внешностью или характером.

Первое и самое очевидное — человек с крупными, толстыми или отвислыми губами. В старину такие внешние приметы служили основой для десятков прозвищ (вспомните фамилии Губин, Губанов, Губарев). Второе, менее известное значение слова «губан» в некоторых диалектах — это обидчивый, капризный человек, который «надувает губы». Таким образом, прозвище могло закрепиться за человеком с определённым складом характера.

Интересна география фамилии. Губанцовы — фамилия не общерусская, а довольно локальная. По данным переписей и архивов, её ядро находится в южнорусских регионах, особенно в бывшей Воронежской губернии и на территории современной Ростовской области. Это не случайно: суффикс -ец в прозвищах (Губанец, а не, скажем, Губан) типичен именно для южнорусских и украинских говоров. На севере России скорее встретили бы Губанова или Губина.

С точки зрения словообразования, фамилия Губанцов стоит в одном ряду с такими редкими формами, как Хохланцов, Кривоносцов, Горбанцов. Все они образованы от прозвищ на -ец с последующим присоединением патронимического суффикса -ов. Это отличает их от более массовых фамилий на -ов от простых существительных (Губанов, Носов).

В сословном отношении Губанцовы, скорее всего, были крестьянами или однодворцами (особой категорией южнорусского населения, сочетавшей черты крестьян и мелких служилых людей). Фамилия не встречается в древних боярских списках и не имеет аристократического звучания — это чисто бытовое, «уличное» прозвище, которое закрепилось в документах и стало наследственным.