Фамилия Губанцова — редкий пример того, как одна и та же основа может вести к разным, но одинаково правдоподобным объяснениям. В центре здесь корень «губ-», но суффикс «-анц-» сразу указывает на региональную или этническую окраску. В русском языке суффикс «-ец» (в родительном падеже «-анца») часто встречается в фамилиях, образованных от названий жителей местности: скажем, «Ростовец» — житель Ростова. Но в случае с Губанцовым (и его женской формой Губанцова) мы имеем дело не с топонимом, а скорее с прозвищем.

Самая вероятная версия: в основе лежит прозвище Губанец. В русских говорах «губан» или «губастый» — человек с большими или толстыми губами. Суффикс «-ан» (как в «толстян», «горлан») усиливал признак. А окончание «-ец» могло указывать на происхождение или принадлежность: «Губанец» — тот, кто происходит от Губана или сам является носителем этого признака. Таким образом, фамилия Губанцов — это отчество: «чей сын?» — Губанцов, то есть сын Губанца.

Менее распространённая, но допустимая версия связывает фамилию с ремеслом. В некоторых диалектах «губан» называли мастера по изготовлению губок для музыкальных инструментов или, реже, человека, работавшего с губчатой древесиной. Однако это скорее исключение, чем правило. Есть и гипотеза о тюркском влиянии: в ряде тюркских языков «губан» означает «богатырь» или «силач», но для фамилии с русским суффиксом «-ов» это звучит натянуто — такое объяснение обычно притягивают, когда хотят придать фамилии «древнюю» экзотику.

Географически фамилия Губанцов встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской и Ростовской областях, где были сильны украинские диалектные влияния. Именно в украинском языке суффикс «-ец» (украинский «-ець») очень продуктивен для прозвищ, что делает версию о южнорусском происхождении наиболее убедительной. В дореволюционных переписях носители этой фамилии числились в основном среди крестьян и мещан, что типично для фамилий, образованных от бытовых прозвищ.