Фамилия Гунишев — редкий случай, когда географический ключ лежит почти на поверхности. Её основа, Гуниш, с высокой вероятностью указывает на выходца с Северного Кавказа, а точнее — из дагестанского села Гуниб. В русской передаче названия этого аула нередко писали через «ш»: Гуниш. Так могли прозвать человека, переселившегося из горного аула в равнинные области или на казачьи земли Терека. Фамилия образована по типичной русской модели с суффиксом -ев, который присоединяли к основам на мягкий согласный или шипящий: Гуниш → Гунишев, то есть «сын Гуниша», а по сути — «сын того, кто из Гуниба».

Менее вероятная, но допустимая версия выводит фамилию от тюркского личного имени или прозвища. В тюркских языках есть корень «гюн» — солнце, день, а «гюнеш» означает «солнечный». Однако в этом случае мы ожидали бы форму Гюнешев или Гюнишев, с мягким «г». Написание через твёрдое «Гу-» и шипящий «ш» сильнее привязано к кавказской топонимике. Фамилия явно невеликорусская по происхождению, но её носители давно обрусели: окончание -ев и стандартная патронимическая форма не оставляют сомнений, что фамилия вошла в русский ономастикон в XIX веке, когда горцев, переходивших на русскую службу или переселявшихся, записывали по отчеству.

Встречаемость фамилии крайне низкая. По открытым данным, Гунишевы живут в основном в Ставропольском крае, Ростовской области и в нескольких регионах Поволжья — именно там, куда исторически направлялись миграционные потоки с Кавказа. Сословной принадлежности предков установить по фамилии нельзя: это мог быть и отставной солдат, и крестьянин-переселенец, и мелкий торговец. Суффикс -ев не указывает на дворянство или духовенство — это самый массовый способ образования фамилий у всех слоёв населения.

Если вы носите фамилию Гунишев, с большой долей уверенности можно говорить о корнях в дагестанском ауле Гуниб. Точнее сказать без генеалогического поиска невозможно, но именно эта привязка — самая редкая и конкретная деталь, которая отличает вашу фамилию от десятков других, образованных от личных имён или профессий.